Theo đó, thí sinh đăng kí dự thi vào ĐH, CĐ phí là 60.000đ/hồ sơ. Với trường hợp sơ tuyển (đối với các trường tổ chức sơ tuyển trước khi thi): Các ngành năng khiếu là 120.000đ/hồ sơ, các ngành khác là 50.000đ/hồ sơ. Phí dự thi các môn văn hóa là 45.000đ/hồ sơ (bao gồm tất cả các môn), dự thi đối với các môn năng khiếu là 300.000đ/hồ sơ (bao gồm tất cả các môn thi).
Với thí sinh thuộc diện xét tuyển thẳng vào các trường ĐH, CĐ và TCCN phí là 30.000đ/hồ sơ.
Thông tư này cũng quy định lệ phí đối với tuyển sinh đào tạo sau đại học, cụ thể lệ phí đăng kí dự thi là 60.000đ/hồ sơ, dự thi cao học là 120.000đ/hồ sơ, dự tuyển nghiên cứu sinh là 200.000đ/hồ sơ. Diện tuyển sinh đào tạo ở nước ngoài bằng ngân sách nhà nước, lệ phí xét tuyển là 200.000đ/hồ sơ.
Toàn bộ số tiền phí đăng kí dự thi, dự tuyển vào các trường ĐH, CĐ và TCCN do các Sở GD&ĐT trực tiếp thu, trong đó trích nộp cho Bộ GD&ĐT với hồ sơ đăng kí dự thi ĐH, CĐ là 8.000đ/hồ sơ, với hồ sơ xét tuyển vào TCCN là 4.000đ/hồ sơ.
Bộ GD&ĐT cho biết, trong quá trình thực hiện khi chỉ số giá tiêu dùng biến động trên 20% so với thời điểm Thông tư này có hiệu lực thi hành, sau khí có ý kiến thống nhất với Bộ Tài chính, Bộ GD&ĐT sẽ điều chỉnh mức thu phí dự thi, dự tuyển tối đa 20% và điều chỉnh mức trích nộp cho Bộ GD&ĐT.
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 24/4/2013 và áp dụng cho các kỳ tuyển sinh từ năm 2013 trở đi.